<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">---------- Forwarded message ---------<br>De: <strong class="gmail_sendername" dir="auto">Marcos García Arias</strong> <span dir="auto"><<a href="mailto:marcosgarias@gmail.com">marcosgarias@gmail.com</a>></span><br>Date: mié., 18 mar. 2020 a las 9:49<br>Subject: Re: [geo-metamorphism] Virtual Petrographic Microscope and ImageMatrix remote teaching software<br>To:  <<a href="mailto:GEO-METAMORPHISM@jiscmail.ac.uk">GEO-METAMORPHISM@jiscmail.ac.uk</a>><br></div><br><br><div dir="ltr"><div>Hi all,</div><div><br></div><div>There is also another virtual microscope, the United Kingdom Virtual Microscope (<a href="https://www.virtualmicroscope.org/content/uk-virtual-microscope" target="_blank">https://www.virtualmicroscope.org/content/uk-virtual-microscope</a>) that displays thin sections of rocks of the UK. It has zoom, PPL and CPL, a tool to measure distances, and two to three places for each thin section where you can rotate the stage and the the extinction of some specific minerals. The good part is that this is not a software but a web-based tool, so no need to download anything (and thus no compatibility problems); the bad part is that it doesn´t have a tool for image analysis.</div><div><br></div><div>Hope this tool help us during these difficult times.</div><div><br></div><div>P.S. Disclaimer: I am not the owner nor the creator of this tool. I've just found it a few weeks ago for an ongoing project.<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El mié., 18 mar. 2020 a las 7:13, TETLEY MICHAEL (<<a href="mailto:michael.tetley@univ-lyon1.fr" target="_blank">michael.tetley@univ-lyon1.fr</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">





<div lang="EN-GB">
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Craig,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Unfortunately, it appears that 32-bit applications are not supported anymore in MacOS Catalina (and VPM is a 32-bit application) – so I think this may be the source of the difficulty you are having. There are workarounds available such
 as using a virtual machine such as the free Virtualbox for Mac (<a href="https://www.virtualbox.org/" target="_blank">https://www.virtualbox.org/</a>) or the not-so-free Parallels (<a href="https://www.parallels.com/uk/products/desktop/" target="_blank">https://www.parallels.com/uk/products/desktop/</a>)
 to install an older version of MacOS that does support 32-bit applications (like Mojave 10.14 for example which I am using here), then installing and using VPM in this environment.
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I found these instructions as to how to do this (despite the somewhat patronising use of the word “novice” by the article author):
<a href="https://www.winytips.com/open-run-32-bit-apps-macos-catalina-fix-needs-be-updated-error/" target="_blank">
https://www.winytips.com/open-run-32-bit-apps-macos-catalina-fix-needs-be-updated-error/</a>, but please bear in mind I have not tested what is suggested here, so I can’t guarantee the outcome!<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">This is a different problem to the security limitations enforced as described in this article:
<a href="https://osxdaily.com/2016/09/27/allow-apps-from-anywhere-macos-gatekeeper/" target="_blank">
https://osxdaily.com/2016/09/27/allow-apps-from-anywhere-macos-gatekeeper/</a> (which is far easier to get around!)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Hope this helps and good luck,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Mike<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div style="border-color:rgb(181,196,223) currentcolor currentcolor;border-style:solid none none;border-width:1pt medium medium;padding:3pt 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:12pt;color:black">From: </span></b><span style="font-size:12pt;color:black">Craig Storey <<a href="mailto:craig.storey@port.ac.uk" target="_blank">craig.storey@port.ac.uk</a>><br>
<b>Date: </b>Wednesday, 18 March 2020 at 12:44<br>
<b>To: </b>Metamorphic Studies Group <<a href="mailto:GEO-METAMORPHISM@jiscmail.ac.uk" target="_blank">GEO-METAMORPHISM@jiscmail.ac.uk</a>>, TETLEY MICHAEL <<a href="mailto:michael.tetley@univ-lyon1.fr" target="_blank">michael.tetley@univ-lyon1.fr</a>><br>
<b>Subject: </b>Re: [geo-metamorphism] Virtual Petrographic Microscope and ImageMatrix remote teaching software<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi all <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Has anyone with a Mac tried to install VPM and been told that the developer needs to update it to work with this version of MacOS? I am running 10.15.3 (Catalina). I really hope I can get this to work as I am going to take home a microscope
 with digital camera and a load of thin sections to recreate some of my 2nd year metamorphic practical work. However, the only decent home computer I will have is this Mac! Any insight greatly appreciated.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Cheers <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Craig<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Wed, 18 Mar 2020 at 10:11, TETLEY MICHAEL <<a href="mailto:michael.tetley@univ-lyon1.fr" target="_blank">michael.tetley@univ-lyon1.fr</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-color:currentcolor currentcolor currentcolor rgb(204,204,204);border-style:none none none solid;border-width:medium medium medium 1pt;padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin:5pt 0cm 5pt 4.8pt">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US">Dear colleagues,</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US">In support of the uniquely difficult geoscience teaching circumstances we all currently face - for those of you who teach any kind of petrographic
 microscope-based analysis labs / classes we thought it may be helpful to share two options </span><span style="color:black">we use to do this for remote students and for setting remote (at-home) assessments: (1) the
<b><i>Virtual Petrographic Microscope</i></b> (VPM) and (2) <b><i>ImageMatrix</i></b>:</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US"> </span></p>
<ol type="1" start="1">
<li style="color:black">
<span lang="EN-US">VPM is completely free and runs locally on the user’s computer (Win + Mac), allowing them to perform standard microscope thin-section analysis (like zooming, stage rotation, XPL/PPL etc) – but also allows for scaled grid overlays, annotations
 and has an export function so students can email and attach their annotated analysis of a given sample for assessment. The VPM software plus a large dataset of rock thin-section samples can be downloaded from:
</span><a href="https://www.mq.edu.au/about/about-the-university/faculties-and-departments/faculty-of-science-and-engineering/departments-and-centres/department-of-earth-and-planetary-sciences/virtual-petrographic-microscope" target="_blank">https://www.mq.edu.au/about/about-the-university/faculties-and-departments/faculty-of-science-and-engineering/departments-and-centres/department-of-earth-and-planetary-sciences/virtual-petrographic-microscope</a><u></u><u></u></li></ol>
<p><span style="color:black" lang="EN-US"> </span></p>
<ol type="1" start="2">
<li style="color:black">
ImageMatrix is a new online 2D image analysis platform building on VPM that is currently in development. Although still in beta (a new GUI is on the way shortly!), a functional pre-release testing version has been made available here: <a href="https://imagematrix.science.mq.edu.au/" target="_blank"><span style="color:purple">https://imagematrix.science.mq.edu.au/</span></a> (please
 bear in mind this tool is currently in development, so we welcome your feedback!).<u></u><u></u></li></ol>
<p><span style="color:black"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US">Admittedly, this was not the ‘use case’ scenario we imagined for these tools, but it appears it might be very useful to some of you at the
 moment to continue petrographic practical courses during this period.</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Full details of each package can be found below for those interested.</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US">All the best,</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US">Mike Tetley and Nathan Daczko</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">---------------------------</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Dr Michael G. Tetley</span></p>
<p class="MsoNormal"><i><span style="color:black">Laboratoire de Géologie de Lyon : Terre, Planètes et Environnement (LGL-TPE)</span></i></p>
<p class="MsoNormal"><i><span style="color:black">Université Claude Bernard Lyon 1</span></i></p>
<p class="MsoNormal"><i><span style="color:black">Email:
</span></i><a href="mailto:michael.tetley@univ-lyon1.fr" target="_blank">michael.tetley@univ-lyon1.fr</a></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="color:black">(1) Virtual Petrographic Microscope (VPM)</span></b></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US">The free software (for both Windows and Mac) plus thin-section datasets can be found on the Macquarie University website here:
</span><a href="https://www.mq.edu.au/about/about-the-university/faculties-and-departments/faculty-of-science-and-engineering/departments-and-centres/department-of-earth-and-planetary-sciences/virtual-petrographic-microscope" target="_blank">https://www.mq.edu.au/about/about-the-university/faculties-and-departments/faculty-of-science-and-engineering/departments-and-centres/department-of-earth-and-planetary-sciences/virtual-petrographic-microscope</a>
<span style="color:black" lang="EN-US">(For MacOSX users, please note that since changes in version 10.12 (Sierra), you may need to use the following workaround to install VPM: </span><a href="https://protect-au.mimecast.com/s/yviBC91W8rCAYJzNCE289p?domain=osxdaily.com/" target="_blank"><span style="color:purple">http://osxdaily.com/2016/09/27/allow-apps-from-anywhere-macos-gatekeeper/</span></a><span style="color:black">).
 Users need to download and install the software and also download each sample data set (about 100 MB each sample) in order to view and interrogate them.</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US">To learn more, the associated paper “<i>Virtual Petrographic Microscope: a multi-platform education and research software tool to analyse
 rock thin-sections</i>” can be found here:<span> </span></span><a href="https://protect-au.mimecast.com/s/Bb-aC0YKgRsQrnkgU2JoSI?domain=doi.org" target="_blank"><span style="color:purple" lang="EN-US">https://doi.org/10.1080/08120099.2014.886624</span></a><span style="color:black">
</span><span style="color:black">  -OR-   if you don’t have access to this journal, we are temporarily sharing the paper here:
</span><a href="https://www.researchgate.net/publication/263582067_Virtual_Petrographic_Microscope_a_multi-platform_education_and_research_software_tool_to_analyse_rock_thin-sections" target="_blank">https://www.researchgate.net/publication/263582067_Virtual_Petrographic_Microscope_a_multi-platform_education_and_research_software_tool_to_analyse_rock_thin-sections</a></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">To make your own digital thin section for use in VPM, here is a summary of the process:</span></p>
<p class="MsoNormal"><i><span style="color:black">“To create high-resolution input image files, existing petrographic thin-sections from catalogues must be available, or new thin-sections must be correctly
 produced. There are many methods available to produce thin-sections of rocks, as this is a standard procedure in any petrophysical analysis. High-resolution images of the thin-sections must be taken using a digital camera. We used a Nikon Eclipse 50iPOL petrographic
 microscope with a Nikon DS-Fi1 digital camera to produce ~5 MB 1600x1600 pixel JPEG2000 images in the Nikon NIS Elements-D software. Each sample set must consist of 20 images per rock thin-section: 10 images in plane-polarised light and 10 in crossed-polarised
 light generating one image at every 10 degrees of clockwise stage rotation between 0 and 90. To load a sample and start a VPM session, a complete set of 20 images per thin-section specimen is required. A text file named ‘config.txt’ must be included in each
 sample set directory. This file contains the scaling value for the sample set, which is generally the length of one side of the image in millimetres. This value is referenced by the software and used to calculate the scaled grid and zoom values while the program
 is running. In summary, 21 files in a folder makes one digital thin section ready to load in VPM.”</span></i></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="color:black">(2) ImageMatrix</span></b><span style="color:black">
</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">ImageMatrix can be found on the Macquarie University website here: </span><a href="https://imagematrix.science.mq.edu.au/" target="_blank"><span style="color:purple">https://imagematrix.science.mq.edu.au/</span></a><span style="color:black">
 It provides realistic virtual teaching and learning experiences that use clustered 2D image data sets to simulate experiences like microscopy or comparing spatial data that changes with time. The web-based learning & teaching platform, ImageMatrix, helps educators provide authentic
 learning experiences outside of the laboratory that are flexible, inclusive, stimulating and rigorous. ImageMatrix also facilitates combined modality overlays from different instruments (e.g. BSE, EBSD, EDS, CL images can all be overlaid onto a thin section
 and turned visible and invisible in layers) and custom tools for image management, display and manipulation (e.g. annotation, measurement, etc.). ImageMatrix is therefore relevant to all image-based teaching (not just thin sections), along with research and outreach. </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">The image database is closed in the sense that only a few of us have access to upload images to our server, but if you have a spectacular image dataset
 that you would like to share, please<span> email
</span></span><a href="mailto:nathan.daczko@mq.edu.au" target="_blank">nathan.daczko@mq.edu.au</a><span><span style="color:black">
</span></span><span style="color:black">to discuss. Keep in mind that ImageMatrix is intended for all high-resolution 2D images (satellite, gigapan, maps, photographs, photomicrographs, microchemical maps, etc) and could be used to interrogate geology at any
 scale.</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">VPM was funded by Macquarie University and ImageMatrix was funded by Macquarie University with support from the University of New England, University of
 South Australia, and University of Sydney, and major industry sponsorship from Pells Sullivan Meynink.</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> </span></p>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div class="MsoNormal" style="text-align:center" align="center">
<hr width="100%" size="0" align="center">
</div>
<p style="text-align:center" align="center">To unsubscribe from the GEO-METAMORPHISM list, click the following link:<br>
<a href="https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?SUBED1=GEO-METAMORPHISM&A=1" target="_blank">https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?SUBED1=GEO-METAMORPHISM&A=1</a>
</p>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><br clear="all">
<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">-- <u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black">Craig Storey</span><br>
<span style="font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black">Professor of Geology<br>
School of the Environment, Geography and Geosciences<br>
Burnaby Building<br>
University of Portsmouth<br>
Burnaby Road<br>
Portsmouth<br>
PO1 3QL<br>
UK<br>
+44 (0)2392842245<br>
</span><a href="http://www.port.ac.uk/school-of-earth-and-environmental-sciences/staff/craig-storey.html" target="_blank"><span style="font-size:13.5pt;font-family:Helvetica">Website</span></a><span style="font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black"><br>
<br>
</span><u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><img id="m_8774304210302396519gmail-m_1137750597641303247_x0000_i1025" src="https://storage.googleapis.com/edm-email-content/email-signature1.png" alt="https://storage.googleapis.com/edm-email-content/email-signature1.png" border="0"><u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

<br>
<hr>
<p align="center">To unsubscribe from the GEO-METAMORPHISM list, click the following link:<br>
<a href="https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?SUBED1=GEO-METAMORPHISM&A=1" target="_blank">https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?SUBED1=GEO-METAMORPHISM&A=1</a>
</p>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Dr. Marcos Garcia-Arias<br>Assistant Professor in Petrology</div><div>Universidad de Los Andes<br></div><div><a href="mailto:m.garcia@uniandes.edu.co" target="_blank">m.garcia@uniandes.edu.co</a></div><div><span><a href="mailto:marcosgarias@gmail.com" target="_blank">marcosgarias@gmail.com</a></span></div><div><br></div><div><u>Links:</u></div><div>SCOPUS: <a href="https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=36124834200" target="_blank">https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=36124834200</a><br>ORCID: <a href="http://orcid.org/0000-0002-3585-2364" target="_blank">http://orcid.org/0000-0002-3585-2364</a><br>ResearcherID: <a href="http://www.researcherid.com/rid/A-7595-2011" target="_blank">http://www.researcherid.com/rid/A-7595-2011</a><br>Google Scholar: <a href="https://scholar.google.com/citations?user=IWdJLncAAAAJ&hl=es" target="_blank">https://scholar.google.com/citations?user=IWdJLncAAAAJ&hl=es</a><br>ResearchGATE: <a href="https://www.researchgate.net/profile/Marcos_Garcia-Arias" target="_blank">https://www.researchgate.net/profile/Marcos_Garcia-Arias</a></div><div><br></div><div><u>Quote:</u></div><div>Inside every cynical person, there is a dissapointed idealist (George Carlin)<br></div><a href="https://www.researchgate.net/profile/Marcos_Garcia-Arias" target="_blank"><span style="font-size:11pt" lang="EN-GB"></span></a><span style="font-size:11pt" lang="EN-GB"></span></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br>
<hr>
<p align="center">To unsubscribe from the GEO-METAMORPHISM list, click the following link:<br>
<a href="https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?SUBED1=GEO-METAMORPHISM&A=1" target="_blank">https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?SUBED1=GEO-METAMORPHISM&A=1</a>
</p>
</div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font size="1" face="arial narrow, sans-serif">Dra. Graciela I. Vujovich<br>Directora Geología Regional - Instituto de Geología y Recursos Minerales</font></div><div dir="ltr"><font size="1" face="arial narrow, sans-serif">Servicio Geológico MInero Argentino (SEGEMAR)<br></font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif"><font size="1">Av. General Paz (colectora), </font><font size="1">Parque Tecnológico Miguelete, </font><span style="font-size:x-small">Edificio 25.</span></font></div><div><span style="font-size:x-small"><font face="arial narrow, sans-serif">San Martín (B1650 WAB)  - </font></span><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif;font-size:x-small">+54 11 5670-0100</span></div><div><font size="1" face="arial narrow, sans-serif">Investigadora Principal CONICET - IDEAN<br></font></div><div dir="ltr"><font face="arial narrow, sans-serif"><font size="1">Profesora Asociada Dpto. Cs. Geológicas, FCEyN - Universidad de Buenos Aires</font><br></font><br></div></div></div></div></div></div></div></div>